Có rất ít thông tin về nguồn gốc của McCarty, nhưng nhiều học giả có uy tín trong lịch sử phương Tây cho rằng "hắn sinh ra vào một đêm, trước khi cuộc nội chiến của một khu phố Ailen tại thành phố New York bắt đầu". Nếu thực sự, nơi sinh của ông là New York, thì lại không có hồ sơ nào chứng minh ông từng sống ở đó.[8][9] Trong khi người cha ruột của ông vẫn là một ẩn số, một số nhà nghiên cứu đã giả thuyết rằng tên của cha đẻ ông là Patrick McCarty, Michael McCarty, William McCarty, hay Edward McCarty.[8] Tên người cha thì mơ hồ, nhưng có bằng chứng rõ ràng rằng người mẹ ruột tên là Catherine McCarty. Mặc dù đã có một số lượng lớn các cuộc tranh luận về việc liệu McCarty là tên thật của cô gái hay chỉ là tên kết hôn.[8][9] Theo một số nguồn tin, tên khai sinh của McCarty là William Henry McCarty, Jr, nhưng mẹ hắn ưa thích gọi con mình là "Henry" bởi vì bà ấy không muốn nó sẽ được biết đến như là "cơ sở" để tìm tòi.[10] Nhiều người tin rằng người mẹ của McCarty là một nạn nhân của nạn đói lớn ở Ailen vào giữa thế kỷ 19.[8][9]

Tới nay vẫn chưa ai xác định rõ the Kid chính hiệu sinh ra ở đâu, chỉ biết sau đó Henry cùng anh là Joseph đã theo mẹ về miền Tây Hoa Kỳ. Họ tới Indianapolis vào năm 1865,[11] nơi bà mẹ tìm được một người chồng mới tên William H. Antrim (về sau, một trong những tên gọi của Billy the Kid đã mang họ của ông dượng này: Henry Antrim).[12] Lần lượt, cả nhà bốn người đã đi qua Wichita, Denver, Santa Fe (ở đây Catherine và Antrim đã kết hôn tại nhà thờ First Presbyterian),[13] rồi Silver City (tại đây Antrim đã làm người phục vụ ở quầy rượu và thợ mộc nhưng làm vợ con phiền lòng vì thói cờ bạc) [14] và cuối cùng đến New Mexico vào năm 1870. Bốn năm sau, khi người mẹ buồn rầu và mất vì bệnh lao phổi đã mắc phải từ lâu và gia đình này tan rã. Billy the Kid được gởi tới một số nhà nuôi trẻ. Khi đã đạt đến độ tuổi vị thành niên, Billy the Kid đã làm cho một cửa hàng thịt, rồi làm bồi bàn và rửa chén tại một khách sạn. Sau đó bị bắt giữ do một vụ trộm cắp lặt vặt lần thứ hai vào tháng 9 năm 1875, nhưng the Kid đã trèo ống khói và vượt ngục, trốn về phía đông nam Arizona sinh sống.